Masjid Hazrat Khidr terletak di selatan pemukiman Afrasiab dan di seberang Sayab Bazaar yang terkenal.Masjid ini adalah salah satu bangunan keagamaan Islam tertua di Samarkand, karena para sejarawan percaya bahwa pembangunannya dimulai pada abad kedelapan Masehi. Di sekitar masjid terdapat kuburan yang menurut legenda populer terdiri dari 7 tingkat kuburan yang merupakan kuburan para wali dan nabi. Masjid ini telah dihancurkan beberapa kali sepanjang sejarah, namun selalu dipugar hingga menjadi seperti sekarang. Masjid saat ini memiliki kubah yang indah, menara tinggi, gerbang berornamen, dan masih banyak lagi.