Müze, 1899 yılında Kübalı yazar ve politikacı Emilio Bacardi'nin girişimiyle kuruldu, ancak inşaatından eşi Elvira Cape sorumluydu. Başlangıçta müze küçüktü ve içerdiği değerli eşyaları korumaya yetmiyordu. Bu nedenle büyük müzenin inşaatına Ağustos 1922'de başlandı ve şehir merkezine yakınlığı nedeniyle burası seçildi. Müze binası 28 Ağustos 1927'de tamamlanarak 27 Ekim 1927'de açıldı. 12 Kasım 1901'de müze, doğal ürünler, sanatsal, endüstriyel, tarihi ve antropolojik objelerin koleksiyonuna adandı.