Museum ini didirikan pada tahun 1899 atas prakarsa Emilio Bacardi, seorang penulis dan politikus Kuba, namun istrinya Elvira Cape bertanggung jawab atas pembangunannya. Pada awalnya, museum ini berukuran kecil dan tidak cukup untuk melestarikan barang-barang berharga yang dikandungnya. Oleh karena itu, pembangunan museum besar ini dimulai pada bulan Agustus 1922, dan tempat ini dipilih karena letaknya yang dekat dengan pusat kota. Bangunan museum selesai dibangun pada 28 Agustus 1927 dan dibuka pada 27 Oktober 1927. Pada 12 November 1901, museum ini didedikasikan untuk koleksi benda-benda alam, seni, industri, sejarah, dan antropologi.