Basilika Santo Yohanes dibangun pada abad ke-6 di bawah pemerintahan Kaisar Justinian I dan istrinya Theodora di lokasi yang diduga sebagai lokasi makam Santo Yohanes, yang diyakini datang ke Efesus bersama Perawan Maria. penyerang menghancurkan basilika besar ini, yang merupakan gereja terbesar kedua di Anatolia pada saat itu. Reruntuhannya yang megah masih dapat dilihat hingga saat ini, dan papan informasi yang tersebar di seluruh tempat menyoroti model miniatur bangunan asli dengan ubin marmer dan gerbang besar.