सैन फ्रांसिस्को मंदिर, जुआरेज़ थिएटर से कुछ कदम की दूरी पर, मध्य गुआनाजुआतो में प्लाजा डे सैन फ्रांसिस्को के सामने स्थित है। सैन फ्रांसिस्को मंदिर में एक ऊंची गुलाबी इमारत है, जिसे 1728 ई. में फ्रांसिस्कन भिक्षुओं ने एक धर्मशाला के रूप में बनवाया था। इसकी स्थापना सैन जुआन बॉतिस्ता मंदिर के बगल में की गई थी, जो बाद में सैन फ्रांसिस्को मठ का हिस्सा बन गया। भिक्षुओं ने सैन फ्रांसिस्को मंदिर के आंतरिक भाग को उस समय प्रचलित बारोक शैली में नक्काशीदार पत्थर की वेदियों से सजाया।