हज़रत खिद्र मस्जिद अफरासियाब बस्ती के दक्षिण में और प्रसिद्ध सयाब बाज़ार के सामने स्थित है। मस्जिद समरकंद की सबसे पुरानी इस्लामी धार्मिक इमारतों में से एक है, क्योंकि इतिहासकारों का मानना है कि इसका निर्माण आठवीं शताब्दी ईस्वी पूर्व का है। मस्जिद के चारों ओर एक कब्रिस्तान है, जिसके बारे में लोकप्रिय किंवदंतियों के अनुसार 7 स्तर की कब्रें हैं, जो संतों और पैगंबरों की कब्रें हैं। पूरे इतिहास में मस्जिद को कई बार नष्ट किया गया है, लेकिन हर बार इसे वैसा बना दिया गया जैसा कि यह अब है। मस्जिद में वर्तमान में सुंदर गुंबद, ऊंची मीनारें, अलंकृत द्वार और बहुत कुछ है।