در حالی که استانبول به خاطر مساجد بزرگش مانند ایاصوفیه معروف است، مساجد کوچکتر آن نیز ارزش دیدن دارند زیرا به همان اندازه زیبا هستند. مسجد ایاصوفیه کوچک یکی از این مساجد است. این مسجد در ابتدا به عنوان یک کلیسای ارتدکس شرقی در قرن ششم توسط امپراتور ساخته شد. ژوستینیان در اوایل سلطنت خود و در زمان امپراتوری عثمانی به مسجد تبدیل شد، برخی معتقدند که این مسجد برای مدل مینیاتوری ایاصوفیه ساخته شده است، از این رو "ایاصوفیه کوچک" نامیده می شود.