مسجد حضرت خضر در جنوب آبادی افراسیاب و روبروی بازار معروف سیاب واقع شده است، این مسجد یکی از قدیمی ترین بناهای مذهبی اسلامی در سمرقند است که تاریخ نگاران معتقدند ساخت آن به قرن هشتم میلادی باز می گردد. در اطراف مسجد قبرستانی وجود دارد که در افسانه های رایج آمده است که از 7 طبقه قبر تشکیل شده است که قبور اولیا و پیامبران است. این مسجد در طول تاریخ چندین بار تخریب شده است، اما هر بار بازسازی می‌شود تا به آنچه اکنون است تبدیل شود. این مسجد در حال حاضر دارای گنبدهای زیبا، برج‌های بلند، دروازه‌های پرآذین و بسیاری موارد دیگر است.