ساختمان مسجد حبیب النجار شاهد بازدیدهای زیادی از پیروان مذاهب مختلف بود، زیرا در ابتدا یک معبد بت پرست بود، سپس به کلیسای مقدس جان باپتیست تبدیل شد، سپس در دوره امویان به مسجد تبدیل شد. سپس در دوره حکومت صلیبی ها دوباره کلیسا شد تا اینکه امروز به عنوان مسجدی با نام حبیب النجار که معاصر عیسی مسیح بود و حاضر به ترک عبادت خدا و بازگشت به بت پرستی نبود، سکونت گزید.