يشتهر مسجد الحكيم بمآذنه المميزة التي تعد أقدم مآذن القاهرة، وهو أيضًا ثاني أكبر مسجد فاطمي في المدينة. وللمسجد قصة مثيرة للاهتمام عن الخليفة غريب الأطوار المسمى الحكيم بأمر الله الذي أمر ببناء المسجد عام 990 م ثم في سن السادسة والثلاثين خرج ذات يوم واختفى دون أن يترك أثراً؛ وقد كان المسجد في حالة سيئة على مر السنين، ففي وقت ما تم استخدامه كسجن لاحتجاز الصليبيين ومن ثم مستودع لنابليون واستُخدم كإسطبلات لصلاح الدين وخلال حكم عبد الناصر كان مدرسة؛ فقط في أواخر القرن العشرين تم ترميمه وإعادة تحويله إلى مسجد.