Coimbra'daki Santa Cruz Kilisesi, mimari ve tarih açısından zengin olmasıyla bilinir. Mevcut binası 1131 yılında St. Augustine rahipleri tarafından kurulmuştur ve erken Manuelin tasarımının harika bir örneği olarak kabul edilir. Coimbra'daki muhteşem dini yapılar ve Portekiz krallarının son dinlenme yeri olan bu yapı, birçok çarpıcı dekorasyona ve yalnızca dört kişinin çalabileceği bir orga sahiptir.