San Diego Doğa Tarihi Müzesi'nde büyüleyici sergiler ve doğal dünyaya odaklanan filmlerin gösterildiği dev ekranlı bir 3D dijital tiyatro bulunmaktadır. Müzenin ödüllü sergi tasarım ekibi ayrıca, özellikle Güney Kaliforniya'nın eşsiz ve biyolojik çeşitliliğe sahip bölgesinin doğal yaşamına odaklanan sergiler tasarlamaya da çalışıyor. Ayrıca müze her yıl çok sayıda geçici sergiye ev sahipliği yaparak ziyaretçilere bugünkü ve geçmişte olduğu gibi çağlar boyunca doğal dünyayı öğretiyor.