Müze, Malta'nın Neolitik döneminden (MÖ 5000) Fenike dönemine (MÖ 400) kadar uzanan muhteşem bir eser koleksiyonu sergiliyor. Tarih öncesi dönemde insanların günlük işlerini kolaylaştırmak için kullandıkları en eski aletler de sergileniyor, ekranlarda hayvan ve insan karakterleri temsil ediliyor. Bu eşyalar sadece adanın ilk sakinlerinin büyük sanatsal becerilerini göstermekle kalmıyor, aynı zamanda bize onların günlük yaşamlarına dair bir fikir de veriyor. Müzede sergilenen en önemli eserler arasında “Uyuyan Kadın”, “Malta Venüsü” ve Taraxian tapınaklarındaki Tunç Çağı katmanlarından ele geçen bronz hançerlerin yanı sıra Horus-Anubis kolyesi ve Fenike dönemine ait antropomorfik lahit.