Thira Antik Kenti'nin tarihini anlatan bu müze, 1956 yılında adayı vuran şiddetli depremde yıkılan tarihi bir kilisenin kalıntıları üzerine inşa edilmiştir. Bu müzede şehrin tarih öncesi çağlardaki tarihi ayrıntılı olarak anlatılmaktadır. ve onun kökeninin ve yıkımının öyküsünü anlatıyor. Müzedeki sergiler arasında heykeller, çömlekler, duvar resimleri, mobilyalar ve çok daha fazlası yer alıyor. Müzede ziyaretçilerin mevcut sergilerden sıkılmaması için müzede birçok geçici sergi de düzenleniyor.