San Diego de Alcala Misyon Kilisesi, San Diego'ya gelen ilk Fransisken misyonu olarak kabul edilir ve ilk olarak MS 1769'da bir İspanyol keşiş tarafından kurulmuştur. Mevcut kiliseye gelince, on dokuzuncu yüzyılın başlarında inşa edilmiştir ve San Diego'nun önemli tarihi yerlerinden biri olarak kabul edilir ve ziyaretçiler bugün binaya girebilir ve yerin tarihi ve buraya gelen misyon hakkında bilgi edinmek için binada bir tur atabilirler.