Ayasofya Camii, İznik'in yol üzerinde meydana gelen büyük tarihi dönüşümlere tanıklık etmesi nedeniyle önemli bir simge yapıdır.Caminin binası, Roma-Bizans mimarisinden de anlaşılacağı üzere, bu dönüşümlerden etkilenmiştir. Hristiyan dininin yayılmaya başladığı ilk çağlarda Roma kilisesi olarak inşa edildiği, daha sonra dönüştürüldüğü, yıllar geçtikçe Osmanlı döneminde camiye, daha sonra modern dönemde müzeye dönüştürüldüğü, Ziyaretçilerin etrafta dolaşabileceği ve iç ve dış avlularında mimari unsurların ve İslam ve Hıristiyan dini koleksiyonlarının iç içe geçmişini görebileceği laik Türkiye.