Vatikan Bahçeleri'nin tarihi, meyve bahçeleri ve üzüm bağlarının Papalık Sarayı'nın kuzeyine uzandığı Orta Çağ'a kadar uzanır. 1279 yılında Papa III. Nicholas, konutunu Lateran Sarayı'ndan Vatikan'a taşımış, bu alanı duvarlarla çevirmiş ve bir meyve bahçesi ve bahçe oluşturmuştur. Bu bahçeler, büyük manevi güzelliğe sahip doğal, mimari ve sanatsal bir mekandır. Burada Rönesans ve Barok dönemlerine kadar uzanan birçok sur, bina ve anıt bulabiliriz.