Bu müze Çeşme Kalesi'nin içinde yer alır ve Cezerli Gazi Hasan Paşa Anıtı müzenin hemen önünde, Ege Denizi kıyısına yaklaşık 60 metre uzaklıkta yer alır. Müze, 1965 yılında silah müzesi olarak kurulmuş ancak yüksek nem, silahların metal kısımlarında bir miktar paslanmaya neden olmuş ve silahlar başka müzelere nakledilmiştir. Müze, 1984 yılından itibaren genel amaçlı bir müze olarak yeniden tasarlandı. Salonlardan birinde, çömlek figürin grupları, kandiller ve çanak çömlekler de dahil olmak üzere Roma ve Bizans dönemlerine ait eşyalar sergileniyor. Ayrıca kazılarda bulunan çanak çömlek heykeller, gümüş ve bakır paralar gibi eserlerin sergilendiği bir salon, 18. yüzyılda Çeşme Körfezi'nde yapılan Çeşme Muharebesi'nin anısının sergilendiği bir salon da ayrıldı. Bu salonda haritalar, posterler, bayraklar, madalyalar ve diğerleri yer alıyor.