Büyük Ağa Medresesi veya Kapı Ağa Medresesi, Amasya'da bulunan onbeşinci yüzyıldan kalma tarihi bir okuldur.M. 1488 yılında Osmanlı Padişahı II. Bayezid döneminde yaptırılmıştır. Avluları, kubbeleri ve Kur'an-ı Kerim ilimlerinin öğretilmesi ve öğretilmesi için tasarlanmış odaları içeren kendine özgü bir mimari tasarımıyla öne çıkan okul, bugün şehrin en önemli ve ayırt edici arkeolojik simge yapılarından biri olarak kabul ediliyor.