1902 yılında kurulan Mikonos'taki bu arkeoloji müzesi, öncelikle 1898 yılında keşfedilen M.Ö. 426-425 tarihli bir arıtma çukurundan elde edilen antik eserleri korumak amacıyla kurulmuştur. Müze binası kendine özgü neoklasik özelliklere sahiptir. Müzede, bazıları tarih öncesi çağlardan kalma, karmaşık tasarımlı sayısız vazo sergileniyor ve Helenistik döneme ait bir grup vazo da bulunuyor. Müzedeki en önemli sergilerden biri, 1961 yılında Mikonos'ta kazıcıların kuyu açması sırasında keşfedilen Pythos'un ustaca fotoğraflanmış resimleridir.