تم تصميم فناء الساقية كحديقة داخلية بها نظام هيدروليكي يوفر المياه لأربعة أرصفة مائلة، وكان الجزء الجانبي منها في الأصل محاطاً بجدار عالٍ والذي تم تدميره خلال العصر المسيحي، ولكن ما زال بالإمكان رؤية بعض البقايا على كلا الطرفين، كما وكانت نقطة المراقبة المركزية هي الفتحة الوحيدة إلى الخارج في الفناء، والتي لا تزال حتى يومنا هذا تحافظ على الزخرفة الجصية الفخمة من عهد السلطان إسماعيل الأول (Isma’il I).