Kuil San Francisco terletak di depan Plaza de San Francisco di pusat Guanajuato, beberapa langkah dari Teater Juarez. Kuil San Francisco terdiri dari bangunan berwarna merah muda yang menjulang tinggi, dibangun oleh para biarawan Fransiskan pada tahun 1728 M untuk dijadikan sebagai rumah perawatan. Didirikan di sebelah Kuil San Juan Bautista, yang kemudian menjadi bagian dari Biara San Francisco. Para biarawan menghiasi bagian dalam Kuil San Francisco dengan altar batu berukir bergaya Barok yang berlaku pada saat itu.