Benteng Santo Yohanes terletak di barat daya Pemakaman Bukit Sina. Dulunya merupakan gereja swasta Portugis yang didedikasikan untuk Santo Yohanes Pembaptis hingga dibangun kembali oleh Belanda pada abad kedelapan belas dan diubah menjadi benteng untuk melindungi dari serangan darat dari pasukan Melayu. Letaknya di atas Bukit St. John, sekitar tiga kilometer jauhnya, dari kota Malaga juga dilengkapi dengan meriam yang menghadap ke laut.