Masjid Syekh Isa bin Ali Al Khalifa, juga dikenal sebagai "Masjid Agung atau Utara", terletak di Jalan Syeikh Abdullah di Muharraq Souq. Didirikan pada awal abad kesembilan belas M dan ditugaskan oleh Syekh Mohammed bin Jumaan. Kemudian Syekh Isa bin Ali Al Khalifa membangunnya kembali Tahun 1892 M. Merupakan masjid besar yang terdiri dari dua lantai, dengan luas total sekitar 2.013 meter persegi, dapat menampung sekitar 3.050 pria dan 235 wanita.