Kastil Santa Isabel juga merupakan benteng yang dibangun pada tahun 1621 untuk melindungi pelabuhan Pasaya dari kemungkinan serangan kapal perang atau bajak laut asing.Kaisar Carlos I telah memerintahkan pembangunan kastil ini, dan benteng tersebut berhenti menyediakan layanannya pada tahun 1867. Saat ini benteng tersebut menjadi benteng landmark arkeologi dan telah kehilangan tampilannya sebagai benteng yang tidak dapat ditembus, dan menjadi terdiri dari empat dinding yang terbuat dari batu pasir kuno.