Museum Nasional Sejarah Alam terletak di Taman Rizal, dan merupakan salah satu atraksi utama yang menarik banyak penduduk lokal dan asing, karena koleksi yang dikandungnya tersebar di 12 pameran permanen yang didedikasikan untuk kekayaan keanekaragaman hayati dan geologi Filipina. Ini berisi model hewan, tumbuhan dan geologi yang mewakili sejarah alam yang unik. Selain itu, di sini terdapat struktur “Pohon Kehidupan” yang menghubungkan semua ekosistem unik di Filipina.