Museum ini menampilkan koleksi artefak menakjubkan yang berasal dari periode Neolitikum Malta (5000 SM), hingga periode Fenisia (400 SM). Peralatan tertua yang digunakan oleh orang-orang pada masa prasejarah untuk memudahkan tugas sehari-hari juga ditampilkan, dan karakter hewan dan manusia terwakili di layar tampilan. Barang-barang ini tidak hanya menunjukkan keterampilan artistik yang luar biasa dari penduduk awal pulau ini tetapi juga memberi kita wawasan tentang kehidupan sehari-hari mereka. Di antara benda-benda paling menonjol yang dipajang di museum ini adalah “Wanita Tidur”, “Venus Malta”, dan belati perunggu (yang diperoleh dari lapisan Zaman Perunggu di kuil Taraxian), selain kalung Horus-Anubis, dan patung sarkofagus antropomorfik, yang berasal dari periode Fenisia.