Museum yang menceritakan sejarah kota kuno Thira ini dibangun di atas reruntuhan gereja bersejarah yang hancur akibat gempa kuat yang melanda pulau tersebut pada tahun 1956. Museum ini menceritakan secara detail sejarah kota tersebut pada zaman prasejarah. , dan menceritakan kisah asal usul dan kehancurannya. Yang dipamerkan di museum ini antara lain patung, tembikar, mural, furnitur, dan masih banyak lagi. Museum ini juga banyak mengadakan pameran temporer agar pengunjung museum tidak bosan dengan pameran yang ada.