Gereja Misi San Diego de Alcala dianggap sebagai misi Fransiskan pertama yang datang ke San Diego, dan pertama kali didirikan oleh seorang biarawan Spanyol pada tahun 1769 M. Sedangkan untuk gereja saat ini, dibangun pada awal abad kesembilan belas, dan itu dianggap sebagai salah satu bangunan bersejarah penting di San Diego, dan pengunjung hari ini dapat memasuki gedung dan melakukan tur untuk mempelajari tentang sejarah tempat tersebut dan misi yang datang ke sana.