Masjid Tionghoa Malaka merupakan masjid bergaya Tionghoa ketiga di Malaysia setelah Masjid Sina dan Masjid Muhammadiyah, dibedakan dari desainnya dengan pagoda yang mirip dengan desain arsitektur banyak masjid di Beijing, Shanghai, dan Xi'an di Tiongkok. Masjid ini juga terdiri dari menara menara dan dua kubah serta memiliki ruang sholat pusat, perpustakaan dan ruang serba guna, serta restoran, dan masjid ini dapat menampung hingga dua ribu jamaah.