Museum Yahudi di Thessaloniki ini didirikan untuk menghormati kekayaan warisan Sephardic yang berkembang di kota Thessaloniki. Di permukaan tanah terdapat batu-batu besar dan prasasti yang ditemukan di Pemakaman Besar Yahudi yang terletak di sebelah timur tembok kota.Batu-batu tersebut disertai dengan serangkaian foto yang menunjukkan kuburan dan pengunjungnya seperti pada tahun 1914. Pada awalnya Lantai museum ini menampilkan sejarah kehadiran Yahudi di Thessaloniki dari abad III SM hingga Perang Dunia II. Museum ini juga menyediakan program pendidikan khusus untuk sekolah.