Museum berukuran sedang yang tidak konvensional, dibagi menjadi dua lantai dan merupakan pameran permanen koleksi warisan ilmu pengetahuan dan budaya Universitas Tokyo. Museum ini mencakup segala macam topik mulai dari sejarah alam, geografi, sains dan matematika, dengan banyak spesimen dan artefak dari seluruh dunia hewan dan tumbuhan, serta disiplin ilmu pengetahuan. Selain itu, pamerannya mencakup gabungan pameran ilmu pengetahuan alam seperti kerangka dan peralatan ilmiah kuno .