Museum Mesir dianggap sebagai salah satu museum terindah di Vatikan, dan didirikan pada abad keenam belas. Museum ini berisi banyak barang antik, patung, dan karya seni Romawi. Ada 9 aula di museum tempat Anda dapat melihat barang antik yang dibawa ke Roma ketika Mesir masih menjadi bagian dari Kekaisaran Romawi, seperti mumi dan peti mati Mesir kuno, yang melaluinya dimensi peradaban Mesir kuno di berbagai eranya dapat digambar ulang.