Museum Benteng Yesus terletak di benteng militer dengan nama yang sama, yang dibangun oleh Portugis pada abad keenam belas M. Ini dianggap sebagai salah satu kawasan wisata terbaik di Mombasa, dan merupakan Situs Warisan Dunia UNESCO. Museum ini menampilkan koleksi penemuan, peninggalan arkeologi, perhiasan Oman, dan beberapa pameran yang banyak bercerita tentang kehidupan Swahili dan lain-lain.