Istana Kelapa ini dibangun atas perintah istri mantan Presiden Filipina Imelda Marcos, untuk menjamu Paus Yohanes Paulus II dalam kunjungannya ke Filipina pada tahun 1981 M, namun ia menolak untuk tinggal di dalamnya karena mahalnya biaya pembangunan yang mencapai $ 37 juta dolar. Diberi nama ini karena penggunaan tanaman dan pepohonan kelapa dan pisang dalam konstruksinya.