Gereja Santa María de Portugalet terletak di lokasi sebuah paroki Gotik kecil, dan dibangun oleh Lady Vizcaya, María Díaz de Haro.Portugalete, kota tempat gereja berada, adalah kota komersial yang berkembang pada masanya, dan populasinya dengan cepat bertambah hingga menjadi perlu untuk membangun gereja baru, sehingga pekerjaan konstruksi dimulai sekitar tahun 1492 dan berakhir lebih dari seratus tahun kemudian pada tahun 1600.