Museum Bizantium, atau Museum Gerejawi, terdiri dari ruang luas yang didedikasikan untuk menyimpan koleksi penting ikon dan barang koleksi yang bernilai sejarah dan budaya. Di dalamnya terdapat pembakar dupa, tempat lilin, ukiran kayu, sulaman indah, buku, manuskrip kuno, dan lukisan dinding dari abad kedua belas M, selain ikon kecil Agia Marina. Lengan yang terangkat dianggap sebagai salah satu pameran museum tertua, karena berasal dari abad ketujuh Masehi.