Didirikan pada tahun 1902, museum arkeologi di Mykonos ini didirikan terutama untuk melestarikan barang antik yang ditemukan dari lubang pemurnian yang berasal dari tahun 426-425 SM, yang ditemukan pada tahun 1898. Bangunan museum memiliki ciri khas neoklasik. Museum ini memamerkan vas-vas berdesain rumit yang tak terhitung jumlahnya, beberapa berasal dari zaman prasejarah, dan ada sekelompok vas milik periode Helenistik. Salah satu pameran terpenting di museum ini adalah lukisan Pythos yang difoto dengan terampil, yang ditemukan pada tahun 1961 ketika ekskavator sedang mengebor sumur di Mykonos.