Tujuan utama pembukaan Akuarium Universitas Murcia adalah untuk mendekatkan lembaga pendidikan dan penelitian tertinggi di wilayah tersebut (Universitas Murcia) kepada masyarakat umum, dan untuk menunjukkan aspek-aspek tertentu dari pekerjaan penelitian yang dilakukan oleh tim ahli biologi mengenai akuarium ini, karena pengunjung dapat menikmati dua jenis akuarium, Satu adalah akuarium tropis, yang mewakili ekosistem Laut Merah, Samudera Hindia, Samudera Pasifik dan Laut Karibia dan yang lainnya adalah akuarium Mediterania.