Masjid ini dibangun pada tahun 1560 M sesuai dengan gaya arsitektur klasik Istanbul. Kubahnya menutupi area sholat dan tiga kubah kecil menutupi lorong. Karena dimensinya yang tepat dan desainnya yang khas, masjid ini menempati urutan pertama dalam klasifikasi sebelum semua masjid yang dibangun di Bosnia dan Herzegovina. Di sekitar masjid terdapat tempat pemakaman berbentuk kubah bagi para syuhada yang tewas dalam perang. Pada bulan Januari 2005, Komisi Konservasi Monumen Nasional mengeluarkan keputusan untuk menambahkan Masjid Ali Pasha ke dalam daftar monumen nasional Bosnia dan Herzegovina.