यह संग्रहालय प्रागैतिहासिक काल के ज़गरेब शहर के अतीत को दर्शाता है, जिसके खंडहर हाल ही में संग्रहालय की इमारत के नीचे खोजे गए थे। संग्रहालय उस समय के विभिन्न राजनीतिक, सामाजिक, आर्थिक, व्यावसायिक, चर्च, इंजीनियरिंग, वास्तुशिल्प और दैनिक जीवन के पहलुओं से शहर की एक समग्र तस्वीर प्रस्तुत करता है, और यह उस समय के मूल दस्तावेजों द्वारा समर्थित है। इसमें बहुत सारी खाली बोतलें, फर्नीचर, मूर्तियाँ, शहर का एक मॉडल, कपड़े और बहुत कुछ शामिल है।