बेगोनिया चर्च को शहर की सबसे महत्वपूर्ण धार्मिक इमारत माना जाता है, और बिलबाओ के निवासियों के लिए इसके महत्व में यह कैथेड्रल से भी आगे निकल जाता है। इस विश्वास के परिणामस्वरूप इसे उपनाम (ला अमात्क्सू) दिया गया है, जिसका अर्थ है छोटी माँ। वर्जिन मैरी की प्रारंभिक उपस्थिति इसी स्थान पर हुई थी। चर्च का निर्माण 1511 में शुरू हुआ था। पिछले कुछ वर्षों में इसमें कई बदलाव किए गए हैं, क्योंकि यह बिलबाओ के इतिहास को व्यक्त करता है, क्योंकि इसके वास्तुशिल्प रूप गोथिक का मिश्रण हैं , पुनर्जागरण और औद्योगिक शैलियाँ।