सेंट फ्रांसिस चर्च भारत के सबसे पुराने यूरोपीय चर्चों में से एक है। इसका निर्माण वर्ष 1503 में किया गया था। इसका बहुत ऐतिहासिक महत्व है क्योंकि यह भारतीय उपमहाद्वीप में यूरोपीय औपनिवेशिक संघर्ष का मूक गवाह था। क्योंकि यूरोप से भारत तक समुद्री मार्ग की खोज करने वाले पुर्तगाली खोजकर्ता वास्को डी गामा की मृत्यु कोच्चि में हुई थी और उनके शरीर को लिस्बन ले जाने से पहले उन्हें 14 साल तक चर्च में दफनाया गया था।