वायनाड में इतिहास संग्रहालय के तीन खंड हैं, जिनमें से पहला पुरातत्व इतिहास खंड है, जिसमें प्रागैतिहासिक काल, सहस्राब्दी की शुरुआत और सोलहवीं से उन्नीसवीं शताब्दी तक केरल का इतिहास शामिल है। संग्रहालय का दूसरा खंड मानवशास्त्रीय खंड है, जिसमें आगंतुकों को प्राचीन मिस्र के प्रदर्शन, अफ्रीका के मुखौटे और मूर्तियां, ओशिनिया की पत्थर की मूर्तियां और अन्य चीजें मिलेंगी। तीसरा और अंतिम खंड बच्चों के लिए एक संग्रहालय है, जिसमें वे सरल इंटरैक्टिव फिल्मों और खेलों के माध्यम से इतिहास के बारे में जान सकेंगे और कई जटिल वैज्ञानिक अवधारणाओं को समझ सकेंगे।