प्राकृतिक इतिहास संग्रहालय, मस्कट में अल ज़वावी मस्जिद के सामने, विरासत और संस्कृति मंत्रालय, अल खुवैर के परिसर में स्थित है। संग्रहालय में समुद्री और जानवरों के जीवाश्म और प्राचीन स्तनधारी जैसे बंदर और आदिम हाथी, दांत और भरवां जानवर शामिल हैं। इसमें कई अलग-अलग विंग और खंड शामिल हैं, जिनमें सल्तनत के समुद्री प्राकृतिक इतिहास को बताया गया है। ओमान, जिनमें से कुछ सल्तनत में रहने वाले जंगली जीवों और पत्थरों, पौधों और जीवाश्म प्राणियों के अवशेषों की कहानियां बताते हैं। इन खंडों में प्राकृतिक खजाने हैं जो भूमि और समुद्री जीवों और अन्य प्राकृतिक स्थलों के बीच भिन्न हैं, जिनमें वादी अल-सहतन क्षेत्र में पाए गए जीवाश्म मूंगे के अवशेष भी शामिल हैं और अनुमान है कि यह 270 मिलियन वर्ष से अधिक पुराने हैं। संग्रहालय में धातुओं के अवशेष, पथरे हुए पेड़ और ओमान में रहने वाले प्राणियों की हड्डियाँ भी शामिल हैं। इसमें स्तनधारियों, कीड़ों, पक्षियों और स्वदेशी वनस्पति उद्यानों के प्रदर्शन के साथ ओमानी वनस्पतियों और जीवों का विस्तृत कवरेज शामिल है। संग्रहालय की सबसे प्रमुख विशेषताओं में से एक व्हेल हॉल है: इसमें एक शुक्राणु व्हेल का बड़ा कंकाल है जो बहकर आया है 1986 में ओमानी तट पर।