प्राकृतिक इतिहास का राष्ट्रीय संग्रहालय रिज़ल पार्क में स्थित है, और यह मुख्य आकर्षणों में से एक है जो कई स्थानीय और विदेशियों को आकर्षित करता है, क्योंकि इसमें फिलीपींस की समृद्ध जैविक और भूवैज्ञानिक विविधता को समर्पित 12 से अधिक स्थायी प्रदर्शनियाँ हैं। इसमें पशु, पौधे और भूवैज्ञानिक मॉडल शामिल हैं जो अद्वितीय प्राकृतिक इतिहास का प्रतिनिधित्व करते हैं। इसके अलावा, इसमें "जीवन का वृक्ष" संरचना है जो फिलीपींस के सभी अद्वितीय पारिस्थितिक तंत्रों को जोड़ती है।