संग्रहालय माल्टा के नवपाषाण काल (5000 ईसा पूर्व) से लेकर फोनीशियन काल (400 ईसा पूर्व) तक की कलाकृतियों का एक अद्भुत संग्रह प्रदर्शित करता है। प्रागैतिहासिक काल में लोगों द्वारा अपने दैनिक कार्यों को सुविधाजनक बनाने के लिए उपयोग किए जाने वाले सबसे पुराने उपकरण भी प्रदर्शित किए गए हैं, और जानवरों और मानव पात्रों को डिस्प्ले स्क्रीन पर दर्शाया गया है। ये वस्तुएँ न केवल द्वीप के प्रारंभिक निवासियों के महान कलात्मक कौशल को प्रदर्शित करती हैं बल्कि हमें उनके दैनिक जीवन के बारे में भी जानकारी देती हैं। संग्रहालय द्वारा प्रदर्शित सबसे प्रमुख विशेषताओं में होरस-एनुबिस हार के अलावा "स्लीपिंग लेडी", "वीनस ऑफ माल्टा" और कांस्य खंजर (टारैक्सियन मंदिरों में कांस्य युग की परतों से बरामद) शामिल हैं। एंथ्रोपोमोर्फिक सरकोफैगस, जो फोनीशियन काल से संबंधित है।