यह संग्रहालय, जो प्राचीन शहर थिरा का इतिहास बताता है, एक ऐतिहासिक चर्च के खंडहरों पर बनाया गया था जो 1956 में द्वीप पर आए शक्तिशाली भूकंप में नष्ट हो गया था। यह संग्रहालय प्रागैतिहासिक काल में शहर के इतिहास के बारे में विस्तार से बताता है। , और इसकी उत्पत्ति और विनाश की कहानी बताता है। संग्रहालय में प्रदर्शित वस्तुओं में मूर्तियाँ, मिट्टी के बर्तन, भित्ति चित्र, फर्नीचर और बहुत कुछ है। संग्रहालय में कई अस्थायी प्रदर्शनियाँ भी आयोजित की जाती हैं ताकि संग्रहालय जाने वाले मौजूदा प्रदर्शनों से ऊब न जाएँ।