मोम्बासा समुद्री अभ्यारण्य को केन्या के सबसे प्रसिद्ध समुद्री अभ्यारण्यों में से एक माना जाता है। यह मैंग्रोव, समुद्री शैवाल बेड, रेतीले समुद्र तट और रंगीन मूंगा चट्टानों का घर है। समुद्री घोड़े, पानी के सांप, स्टिंगरे और अन्य लोग वहां रहते हैं। इसके आगंतुक स्नॉर्कलिंग का आनंद ले सकते हैं और विविध समुद्री जीवन के बीच गोता लगाना और कांच के तले वाली नावों की सवारी करना।