संग्रहालय की स्थापना 1899 में क्यूबा के लेखक और राजनीतिज्ञ एमिलियो बकार्डी की पहल पर की गई थी, लेकिन इसके निर्माण की जिम्मेदारी उनकी पत्नी एलविरा केप की थी। शुरुआत में, संग्रहालय छोटा था और इसमें मौजूद मूल्यवान वस्तुओं को संरक्षित करने के लिए अपर्याप्त था। इसलिए, महान संग्रहालय का निर्माण अगस्त 1922 में शुरू हुआ, और शहर के केंद्र से इसकी निकटता के कारण इस स्थान को चुना गया। संग्रहालय की इमारत 28 अगस्त, 1927 को पूरी हुई और 27 अक्टूबर, 1927 को खोली गई। 12 नवंबर, 1901 को संग्रहालय प्राकृतिक उत्पादों, कलात्मक, औद्योगिक, ऐतिहासिक और मानवशास्त्रीय वस्तुओं के संग्रह के लिए समर्पित किया गया था।